大阪・関西万博の開幕まで200日となる９月25日、万博の情報を発信する初めての拠点が東京・港区にオープンした。万博実施主体の博覧会協会などが機運を高めるため設けたもの。拠点では万博会場のマップ、パビリオンなどの情報がパネルで展示されているほか、会場のシンボルとされるリング状の木造建築物「大屋根リング」の模型、「空飛ぶクルマ」の模型などが展示されている。

財務省は９月25日、2024年上半期（１〜６月）に全国の税関が摘発した金の密輸件数が前年同期比81％増の228件、押収量は8.1倍の937kgに上ったと発表した。近年、金の密輸は大きく減少していたが、2022年から再び増勢をたどっている。
密輸の形態は、航空機の旅客による持ち込みが209件、272kg、航空貨物が13件、651kgと、航空機利用によるものが大半を占めた。香港からの密輸に押収量が812kgと全体の約９割に上った。

大阪・名古屋・横浜の各商工会議所は連携協定を結び、今後各地で控える国際イベントで情報発信や来場の促進などに協力して取り組んでいくことになった。大阪では2025年万博、2026年は愛知県を中心に「アジアパラ競技大会」、横浜市では2027年に「国際園芸博覧会（花博）」が予定されている。2025年万博については、全国的な関心の低さが課題となっており、今回の連携によって機運醸成につなげたい考え。

プロ野球のセ・リーグは９月28日、巨人が４人ぶり39度目（１リーグ時代を含め48度目）の優勝を決め、球団創設90周年の節目を飾った。優勝へのマジックナンバーを１として迎えたマツダスタジアム（所在地：広島市）での広島戦に８−１で快勝、阿部慎之助監督（45）は就任１年目でリーグ制覇を果たした。

宇宙航空研究開発機構（JAXA）は９月25日、小惑星探査機「はやぶさ２」が2026年７月に探査予定の小惑星「2001CC21」の名称について、「トリフネ」に決まったと発表した。この名称は日本神話に登場する神で、神が乗る船の名前でもある「天鳥船（アメノトリフネ）」にちなんだ。
小惑星リュウグウの試料を地球に持ち帰ったはやぶさ２は現在も宇宙を飛行。2001CC21は小惑星を識別する記号、最終目的地に向かう途中にある。

木原防衛相は９月27日、レバノン情勢の緊迫化を受け、同国に滞在する邦人の退避に向けて航空自衛隊の輸送機をヨルダンとギリシャに派遣し、待機させる命令を出した。両国に１機ずつ派遣する予定。近く日本を出発する。

大阪メトロは９月25日、2025年大阪・関西万博の期間中に夢洲（所在地：大阪市此花区）で運行するEV（電気自動車）バスのルートと運賃を発表した。会場を回る約4.8kmのコースで、一部の車両は運転手が運転操作しない「レベル４」相当の自動運転で走行する。EVバスは約20台で運行、バス停は６カ所に設ける。運賃は大人、子ども共通で400円（１日券は1,000円）。キャッシュレス決済を想定している。

自民党は９月27日、総裁選の投開票を行い、石破茂・元幹事長（67）を第28代総裁に選出した。決選投票で高市早苗経済安全保障相（63）を逆転し、勝利した。石破氏は５度目の総裁選挑戦で結実させた。10月１日に召集される臨時国会で第102代首相に指名され、同日中に新内閣を発足させる。総裁任期は2027年９月30日までとなる。

観光関連で世界最大級の見本市「ツーリズムEXPOジャパン」が９月26日、東京ビッグサイト（所在地：東京都江東区）で始まった。日本人の海外旅行回復への期待を見込み、今回初めて海外勢の出展規模が国内を上回った。一般公開は28、29日。日本はじめ世界の80カ国・地域から、1,000以上の企業・団体が参加している。
2023年の日本人の海外旅行者数は962万人で、コロナ禍前の2019年（2,008万人）の半数以下にとどまっている。だが、2024年１〜８月累計では828万人と６割超の水準に回復傾向にある。

厚生労働省の審議会は９月25日、人工妊娠中絶のための国内初の飲み薬「メ゙フィーゴパック」について、病床のある医療機関での入院や院内待機により使用するルールを変更し、自宅待機も可能とした案を承認した。この薬は時間を空けて計２種類を服用する。