大阪府は９月30日、大阪・関西万博に出展している海外パビリオンの建設工事に建設業法の許可を受けずに携わったとして、建築会社、DIO（本社：群馬県高崎市）を30日間の営業停止処分にしたと発表した。関連調査に支障があるとして、パビリオン名は明らかにしていない。海外パビリオンの無許可工事の事業者処分は２件目。

大阪市は９月30日、特区民泊に関する部局横断会議で、国家戦略特区法に基づく「特区民泊」の新規受け付けを当面停止する方針を示し、了承された。一定の周知期間を設けたうえで停止する。また、既存施設についても、騒音やゴミなど近隣住民からの苦情やトラブルが広がっていることに対応、運営が不適切な場合、認定を取り消しやすくするよう手順を明確にする。11月にも開かれる国家戦略特別区域会議で提案する。

閉幕まで２週間となった大阪・関西万博で９月30日、ANAホールディングス（HD）と米ジョビー・アビエーション陣営が「空飛ぶクルマ」のデモ飛行を報道陣に公開した。機体はジョビー製の５人乗り「Joby S4」を使用。
今回の万博初のデモ飛行は同日午前11時すぎ、機体を会場西側の海上方面に向けて離陸。上空およそ120ｍで円を描きながら、時速約170キロで12分間旋回飛行した。今後閉幕日の10月13日まで、毎日午前11時ごろと午後２時ごろの１日２回、デモ飛行を実施する。10月４日と11日は午後４時ごろにも運航する予定。

博覧会協会は９月27日、大阪・関西万博の一般入場者の累計が速報値で、運営費の黒字の目安としてきた2,200万人を超え、同日時点で2,220万人に上り、2005年に開催された愛知万博の入場者数に並んだと発表した。
閉幕まで１カ月間となったこの２週間は連日20万人を超える人が訪れており、このペースでいけば閉幕までの入場者数はおよそ2,500万人に上る見込み。

大阪府警は９月26日、一六八（いろは）建設（本社：大阪市鶴見区）を国や大阪府の必要な許可を得ないまま大阪・関西万博アンゴラ館の内装工事を請け負い、工事を進めたとして、社長、従業員をあわせ４人と、法人を建設業法違反容疑で書類送検した。
一六八建設は１月下旬から２月上旬にかけて、およそ１億2,000万円で工事を請け負った。大阪府警は８月、社長の自宅など12カ所を捜索して関係資料を押収するなど捜査を進めていた。一六八建設の社長は「許可を申請中で、手続き中であれば工事を請け負えると考えていた」と説明している。

横浜市の山中竹春市長は９月23日、横浜市で開催する2027年国際園芸博覧会（GREEN×EXPO2027）で、現在開催中の大阪・関西万博の大屋根リングの木材を再利用したい意向を示した。同日、大阪・関西万博の「ギャラリーEAST」で始めたGREEN×EXPO2027のPRイベントの一環で明らかにしたもの。
大屋根リングの再利用を巡っては主要なリサイクル案が決まっておらず、国際的にも限りある天然資源のより有益な活用案が待たれていた。

大阪市は国家戦略特区法に基づく「特区民泊」の新規申請の受け付けを停止する調整に入った。国と協議したうえで、2026年度中にも止める。９月末に開く部局横断の検討会で方針を確認する。
大阪市の認定施設数は、全国の94％と圧倒的な比率を占めている。騒音やゴミなど民泊を利用する外国人客が引き起こす、近隣住民とのトラブルが頻発し、苦情が大幅に増えている。このため、大阪府下では寝屋川市など、特区民泊制度からの離脱を表明する自治体も出ている。

日本国際博覧会協会（略称：万博協会）によると、大阪・関西万博の一般来場数は９月18日に21万人（速報値）に上り、同日までの累計来場者数は約2,003万人となった。また、関係者を含めた総来場者数は、速報値を含み約2,291万人に達した。
会期終盤の駆け込み需要の増加を受け、９月19日午前時点で来場日時の予約枠は10月13日の閉幕日まですべて埋まっているという。

大阪府・市、経済界、博覧会協会でつくる検討会は９月16日、大阪・関西万博の「大屋根リング」について閉幕後、北東部分200ｍを人が登れる原型に近い形で残し、リングとその周辺を大阪市が今回の万博を記念する市営公園として整備することで合意した。
改修などに必要な費用は、市の支出に加え大阪府の負担や、国の交付金や補助金などを充てる予定。

大阪府は８月28日、府内の34市町村を対象に実施した「特区民泊」調査の結果を公表した。これは府内の市町村に、今後の意向を尋ねたもので、７市町が新規の受け付けを停止するべきだととの意向を示した。府は今回の調査結果を踏まえて、今後の対応を検討する。
府は８月21〜28日に、大阪市と堺市の政令指定都市と八尾市など７つの中核市を除く府内34市町村を対象に、近隣との騒音やごみ対策などでトラブルが相次ぐ特区民泊について、今後の運営や意向について聞いた。