北海道大とカナダ・カルガリー大などの国際研究チームは６月12日付の英科学誌『ネイチャー』にモンゴルの白亜紀後期（約9,000万年前）の地層から、肉食恐竜ティラノサウルスの新種を発見したと発表した。
全長は約４ｍで、大型ティラノサウルス類の共通祖先にあたる。新種恐竜はモンゴル語で「王子の龍」という意味を持つ「カンクウルウ」と命名された。体重は500kg未満で、細身の体つきで、ティラノサウルスの幼体と似た特徴を持っている。

６月10日は「時の記念日」。1,300年以上前の飛鳥時代に、天智天皇が流れる水の量で時間を把握する「漏刻（ろうこく）」という水時計を、現在の滋賀県大津市に設置した日とされている。この故事にちなみ同日、ゆかりのある近江神宮で恒例の神事が行われた。
神事には時計の製造や販売などに携わるおよそ250人が参列。神前には腕時計の新製品17点が供えられ、舞楽が奉納され、業界の発展を祈願した。

宇宙スタートアップのispace(アイスペース)は６月６日、月面着陸船「レジリエンス」の月面着陸は失敗したと発表した。６日未明、着陸船は月への到着に向け降下を始めたが、着陸目前で減速が不十分で、月面に衝突した可能性が高いという。
アイスペースは、アジアの民間企業として初となる月面着陸に挑んでいた。同社の月面着陸の挑戦は2023年４月に続き２回目だったが、今回も失敗に終わった。

奈良市の世界遺産、唐招提寺で６月５、６の両日、同寺を開いた中国の名僧、鑑真をしのぶ法要「開山忌」が営まれ、国宝の「鑑真和上坐像」が特別公開されている。境内の御影堂で国宝の鑑真和上坐像を収めた厨子の扉が特別に開けられ、僧侶が御経を唱える中、茶道の家元がたてた茶が像に備えられた。
堂内は日本画家、東山魁夷が鑑真の故郷などを描いた、連なったふすま絵で囲まれた、さながら異空間の佇まい。そんな中、訪れた参拝者らは次々と焼香して像の前で静かに手を合わせていた。鑑真和上坐像などは７日まで公開されている。

京都大学数理解析研究所の柏原正樹特任教授（78）に対する、「数学のノーベル賞」とも呼ばれる「アーベル賞」の授賞式が５月20日、ノルウェーの首都オスロで行われた。柏原氏は、ノルウェーのハラルド国王からガラス製の盾を渡され、にこやかな表情で握手を交わした。
アーベル賞は、優れた業績を挙げた数学者にノルウェー政府が贈る国際的な賞。賞金は750万ノルウェー・クローネ（約１億円）。今年は代数解析学の分野で「D加群」と呼ばれる理論を構築するなどした柏原氏が、日本人として初めて選ばれた。
受賞スピーチで柏原氏は、21歳のときに出会った恩師・佐藤幹夫氏から教わった「数学において、新しいものを創造することの大切さ」を挙げ、「これが私の研究自生の重要な指針となった」と感謝の思いを述べた。

文化審議会は５月16日、琵琶湖の水を京都に引き込む運河「琵琶湖疏水施設」（所在地：滋賀県大津市、京都市）のうち南禅寺水路閣などを国宝に、大津運河などを重要文化財に指定するよう答申した。
琵琶湖疏水施設は、舟運や発電、水道の水源などの機能を持つ、明治日本における都市基盤施設の金字塔とされる。近代の土木構造物が国宝となるのは初めて。

文化審議会は５月16日、1970年大阪万博のシンボルで、芸術家の岡本太郎が手掛けた「太陽の塔」（所在地：大阪府吹田市）を重要文化財（建造物）に指定するよう、文部科学相に答申した。高度経済成長期のレガシー（遺産）として評価された。55年を経て大阪で再び万博が開催される中、大阪府が動き出してわずか４年での「スピード指定」となった。

京都三大祭の一つ、葵祭が５月15日、京都市内で行われた。華やかで彩り豊かな平安装束姿の祭のヒロイン、輿に乗った斎王代ら約500人が参加。フタバアオイの葉の飾りを身に着けた武官や女官役、約40頭の牛馬などでつくる王朝さながら、全長約１kmに及ぶ優雅な平安絵巻行列が、京都御所ー下鴨神社ー上賀茂神社の約８kmを歩いた。

気象庁は５月９日、2017年８月から続いていた、黒潮の流れが大きく湾曲する「黒潮大蛇行」と呼ばれる現象がようやく終息に向かいつつあると発表した。ただ、終息までにはさらに３カ月ほどかかる見通しだという。船舶や衛星による観測などから元の流れに戻りつつあるという。
黒潮は、日本の南岸を列島に沿うように北東へ流れる暖流で、2017年８月、紀伊半島から東海地方にかけての沖合で南に大きく湾曲する流れに変わった。以降、７年９カ月にわたりこの現象が続いていた。

日本国際博覧会協会（万博協会）は５月５日、日中戦争の影響で急遽、中止となった1940年「東京万博」の回数券と、大阪・関西万博の入場券の引き換えを始めた。1970年大阪万博や2005年愛知万博でも同様の対応が取られたことで、今回も「万博の歴史を継承したい」としている。
東京万博は神武天皇の即位2600年を記念し、日本初の万博として東京を主会場に計画され準備が進められていたが、日中戦争の激化で中止された。正式名称は「紀元2600年記念日本万国博覧会」で、”幻の万博”とも呼ばれる。１冊12枚綴りの回数券は、戦時中の混乱で払い戻しされなかったケースも多く、1970年大阪万博や2005年愛知万博では招待券との引き換え措置が取られた。